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高品質(zhì)分子診斷原料,助力微陣列芯片技術(shù)在分子診斷的應(yīng)用

微陣列技術(shù)是一種通用的實驗室方法,將數(shù)千至百萬級的已知核酸片段以陣列的形式結(jié)合到固體表面,即為“芯片”,將從研究樣本 (如細胞或組織) 中提取的 DNA 或 RNA 與芯片一起孵育,樣本和芯片上固定片段的互補堿基配對、結(jié)合,并產(chǎn)生可由專用設(shè)備檢測到的熒光。

微陣列技術(shù)可用于科學(xué)和臨床研究的各種目的,如檢測基因表達、SNPs 基因分型等1。在分子診斷應(yīng)用中,具有檢測速度快、檢測通量高等優(yōu)勢。

圖 1. 微陣列技術(shù)芯片

(圖片來自:National Human Genome Research Institute)

 

Medix Biochemica 助力微陣列芯片技術(shù)在分子診斷的應(yīng)用

Medix Biochemica 分子診斷原料于微列陣技術(shù)的應(yīng)用,具有更高靈敏度及特異性,可支持多重擴增檢測,并且在更短的時間內(nèi)獲得更出色的檢測結(jié)果。

在本應(yīng)用研究中,基于微陣列技術(shù),將 Medix Biochemica 的 PlexTaq® 5x qPCR Multiplex Master Mix (貨號:#4000) 同市場同類試劑進行比較,分別對結(jié)核分枝桿菌病原進行檢測。

以人基因組和合成結(jié)核分枝桿菌基因為樣本,β-actin、KRAS 和 RRDR (結(jié)核分枝桿菌利福平耐藥決定區(qū)域) 為靶點進行多重 PCR 擴增,擴增后產(chǎn)物引入特異性報告基因,通過微陣列芯片對 Cy3 標(biāo)記的擴增產(chǎn)物進行檢測 (圖 2)。
圖 2. 微陣列技術(shù)檢測流程
實驗結(jié)果顯示,在硅基微陣列芯片上,PlexTaq® 5x qPCR Multiplex Master Mix 和其他多重檢測 Master Mix 均可以實現(xiàn)三重擴增,但是 PlexTaq® 5x qPCR Multiplex Master Mix 表現(xiàn)更突出,其 β-actin 熒光強度明顯更優(yōu) (圖 3B,3C),PCR 反應(yīng)時間更快,較其它組節(jié)省 20 分鐘 (圖 3A)2。

圖 3. PlexTaq® 5x qPCR Multiplex Master Mix 和市場同類試劑的微陣列檢測結(jié)果


針對RNA類樣本檢測微陣列技術(shù)的應(yīng)用,某歐洲IVD公司以 β-Actin 為靶基因、對 Medix Biochemica 的 Volcano3G® RT-PCR Probe 2x Master Mix (貨號:#6101) 和市場同類試劑進行了對比測試。

結(jié)果顯示,相較于同類產(chǎn)品,Volcano3G® RT-PCR Probe 2x Master Mix 檢測的整體反應(yīng)時間更短 (圖 4A),熒光強度更高 (圖 4B);即使對于粗樣本 (圖 4B,實驗組 2) 依然具有更高的特異性及靈敏度,可以用更簡便的操作、在更短時間、獲得更可靠的結(jié)果3

圖 4. Volcano3G® RT-PCR Probe 2x Master Mix 和市場同類試劑于微陣列芯片應(yīng)用的結(jié)果

 

實驗組 1:收集唾液并進行 RNA 抽提,以 2μl 純化的 RNA 為模板進行 RT-qPCR。
實驗組 2:以 20μl 無核酸酶水對 50μl 唾液進行稀釋,并在 95℃ 加熱 3 分鐘,取 5μl 粗裂解物作為 RNA 模板進行 RT-qPCR。

 

 

Medix Biochemica 分子診斷原料推薦

1. PlexTaq® 5x qPCR Multiplex Master Mix (貨號:#4000)

· 5 倍濃度預(yù)混液,為多重檢測需求提供更多優(yōu)化空間;

· 穩(wěn)定且高效多重反應(yīng),可至30重多靶點擴增;

· 可省略樣本核酸提取步驟,支持粗樣本直擴,更快獲得可靠結(jié)果;

· 適配體熱啟動配方,快速啟動功能并減小錯誤率;

· 可凍干形式,包含所有凍干所需輔料,更加便捷滿足凍干需求。

目錄號

產(chǎn)品描述

規(guī)格

#4000

PlexTaq® 5x qPCR Multiplex Master Mix

100/500 reactions

 

2. Volcano3G® RT-PCR Probe 2x Master Mix (貨號:#6101)

· 獨特的工程化聚合酶,兼具反轉(zhuǎn)錄活性;

· 極高耐熱性,95℃ 半衰期 >40分鐘;

· 可至零步法 RT-qPCR  (不含單獨反轉(zhuǎn)錄程序步驟),更快獲得檢測結(jié)果;

· 無需樣本提取或裂解,PCR 過程中的高溫會破壞細胞或病毒的膜結(jié)構(gòu)。

目錄號

產(chǎn)品描述

規(guī)格

#6101

Volcano3G® RT-PCR Probe 2x Master Mix

100/500 reactions

 

 

參考文獻:

1. National Human Genome Research Institute. https://www.genome.gov/genetics-glossary/Microarray-Technology.
2. Francesco Damin, Giuseppina Sannino, Audrey Crousilles, Laura Vaahtoranta, Kevin Eboigbodin, Silvia Galbiati, Marcella Chiari.  PlexTaq® 5x qPCR Multiplex Master Mix forMycobacterium tuberculosis detection by microarray.

3. Francesco Damin, Giuseppina Sannino, Marcella Chiari. Volcano3G® RT-PCR Probe 2x Master Mix vs Competitor RT-PCR Master Mix.

 


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